Одна галочка в настройках.

• Отметьте "Удалять автоматические скидки от ВБ"

Ежедневно, примерно в 00:20 (по московскому времени) выгружаются цены и скидки со страницы Товары. Все скидки от ВБ будут перезаписаны вашими данными.